Zielonogórska Biblioteka Cyfrowa udostępnia 63 456 obiektów cyfrowych
Obiekt
Tytuł: Some remarks on evaluating the quality of the multiple sequence alignment based on the BAliBASE benchmark
Współtwórca:
Podtytuł:
Tytuł publikacji grupowej:
Abstract:
BAliBASE is one of the most widely used benchmarks for multiple sequence alignment programs. The accuracy of alignment methods is measured by bali score - an application provided together with the database. The standard accuracy measures are the Sum of Pairs (SP) and the Total Column (TC). We have found that, for non-core block columns, results calculated by bali score are different from those obtained on the basis of the formal definitions of the measures. ; We do not claim that one of these measures is better than the other, but they are definitely different. Such a situation can be the source of confusion when alignments obtained using various methods are compared. Therefore, we propose a new nomenclature for the measures of the quality of multiple sequence alignments to distinguish which one was actually calculated. Moreover, we have found that the occurrence of a gap in some column in the first sequence of the reference alignment causes column discarding.
Wydawca:
Zielona Góra: Uniwersytet Zielonogórski
Identyfikator zasobu:
DOI:
Strony:
Źródło:
AMCS, volume 19, number 4 (2009) ; kliknij tutaj, żeby przejść
Jezyk:
Licencja CC BY 4.0:
Prawa do dysponowania publikacją:
Biblioteka Uniwersytetu Zielonogórskiego
Kolekcje, do których przypisany jest obiekt:
- Zielonogórska Biblioteka Cyfrowa > Repozytorium > Jednostki organizacyjne > Wydział Informatyki, Elektrotechniki i Automatyki
- Zielonogórska Biblioteka Cyfrowa > Repozytorium > Typy utworów > Artykuły
- Zielonogórska Biblioteka Cyfrowa > Repozytorium > Czasopisma naukowe i serie wydawnicze UZ > International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS) > International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS) (2009)
Data ostatniej modyfikacji:
14 lip 2025
Data dodania obiektu:
10 kwi 2024
Liczba wyświetleń treści obiektu:
142
Wszystkie dostępne wersje tego obiektu:
https://www.zbc.uz.zgora.pl/publication/88595
Wyświetl opis w formacie RDF:
Wyświetl opis w formacie OAI-PMH:
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS), volume 19, number 1 (2009)
-
International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS), volume 19, number 2 (2009)
-
International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS), volume 19, number 3 (2009)
-
International Journal of Applied Mathematics and Computer Science (AMCS), volume 19, number 4 (2009)
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
| Nazwa wydania | Data |
|---|---|
| Some remarks on evaluating the quality of the multiple sequence alignment based on the BAliBASE benchmark | 14 lip 2025 |
Obiekty Podobne
Błażewicz, Jacek Kovalyov, Y. Mikhail Musiał, Jędrzej Urbański, Andrzej P. Wojciechowski, Adam Korbicz, Józef (1951- ) - red. Uciński, Dariusz - red.
Rybarczyk, Agnieszka Hertz, Alain Kasprzak, Marta Blazewicz, Jacek Korbicz, Józef (1951- ) - red. Uciński, Dariusz - red.
Liu, Xinbo Wang, Wen Chen, Xin Sterna, Małgorzata Blazewicz, Jacek Kitowski, Zygmunt - ed. Piskur, Paweł - ed. Hożyń , Stanisław - ed.
Wang, Wen Chen, Xin Musial, Jedrzej Blazewicz, Jacek Kołodziej, Joanna - ed. Pllana, Sabri - ed. Vitabile , Salvatore - ed.
Swat, Sylwester Antczak, Maciej Zok, Tomasz Blazewicz, Jacek Musiał, Jędrzej Korbicz, Józef (1951- ) - red. Uciński, Dariusz - red.
Zok, Tomasz Antczak, Maciej Riedel, Martin Nebel, David Villmann, Thomas Lukasiak, Piotr Blazewicz, Jacek Szachniuk, Marta Byrski, Aleksander - ed. Kisiel-Dorohinicki, Marek - ed. Dobrowolski, Grzegorz - ed.
Xiao, Man Liu, Xiaoqiao Li, Weidong Chen, Xin Sterna, Małgorzata Blazewicz, Jacek Korbicz, Józef (1951- ) - red. Uciński, Dariusz - red.
Lopez-Loces, Mario C. Musiał, Jędrzej Pecero, Johnatan E. Fraire-Huacuja, Hector J. Blazewicz, Jacek Bouvry, Pascal Korbicz, Józef (1951- ) - red. Uciński, Dariusz - red.
